Он состоял из двух деревянных павильонов, соединенных одноэтажным переходом-колоннадой.
В 1972 году, после углубления Новинского рукава, деревянное здание передали академии водного транспорта, а сам вокзал перенесли ниже по течению реки.
Новое здание на левом берегу Нагатинской поймы было построено в 1985 году в стиле советского модернизма: оно имело массовое остекление и скульптурную группу на фасаде с олицетворением пяти морей в виде женских фигур авторства Салавата Щербакова и венчалось высоким шпилем с наконечником в виде силуэта парусника.
В конце апреля 2023 года Южный речной вокзал вновь открылся после реконструкции.